E-faktury w KSeF dokumentujące czynności zwolnione od VAT

Mając na uwadze fakt wejścia w życie przepisów o obowiązkowych KSeF (od 1 lutego 2026 r.) należy zastanowić się w jaki sposób nowe przepisy będą odnosić się do podatników korzystających ze zwolnienia od VAT. Poniżej wyjaśniamy czy takie podmioty mają obowiązek wystawiania e-faktur.

Wystawianie faktur przez podatników zwolnionych z VAT

W pierwszej kolejności wskażmy, że w myśl art. 106b ust. 2 ustawy VAT podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113 ust. 1 i 9, art. 113a ust. 1 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3. To oznacza, że podatnicy zwolnieni podmiotowo oraz przedmiotowo od podatku VAT nie muszą dokumentować wykonanych czynności fakturą (choć mogą to czynić na zasadzie dobrowolności).

Ponadto należy zauważyć, że obowiązek wystawienia faktury powstanie w warunkach określonych w art. 106b ust. 3 pkt 2 ustawy VAT. Ten przepis stanowi, że na żądanie nabywcy towaru lub usługi podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż zwolnioną od podatku  jeżeli żądanie jej wystawienia zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty. 

Podatnik zwolniony z VAT również będzie wystawiał e-faktury

Zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy VAT - w brzmieniu obowiązującym od 1.02.2026r. - podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Warto podkreślić, że przepis ten wskazuje na "podatników", a nie na "podatników VAT czynnych".

Dodatkowo w art. 106ga ust. 2 ustawy VAT ustawodawca zawarł katalog podmiotów, których nie dotyczy obowiązek wystawiania e-faktur. Zatem faktury ustrukturyzowane nie będą musiałby być wystawiane:

1) przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju;
2) przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który posiada stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę;
3) przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 7, 7a i 9, dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach;
4) na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej;
5) w przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 106s;
6) przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1;

W powyższym katalogu brak jest podatników zwolnionych od VAT czy to na mocy art. 43 ust. 1 czy też na mocy art. 113 ustawy VAT. W rezultacie również czynności zwolnione od podatku VAT (z wyjątkiem czynności zwolnionych na mocy art. 113a ustawy VAT) będą dokumentowane e-fakturami w nadchodzącym stanie prawnym.